實驗操作時間:5/15(六) 操作實驗室:涵青老師實驗室
目標:
將pET28b中的EGFP clone到pET24a中,操作過程參考生物核心技術實驗。
問題:
●原先是想和核心技術實驗的內容相反*1,將EGFP clone到TA vector中,但後來確定TA vector中其實沒有我們使用的restriction enzyme NedI 的校切位,跟助教研究了一下才換成用pET24a。至於核心實驗中的TA vector中的NedI 校切位究竟怎麼來的,就不得而知了。但我猜應該是在把EGFP塞進TA vector的時候才一起塞進去的。
●本次做膠時使用的不是safe dye而是使用靈敏度較高,但也較危險的EtBr。操作過程需配戴特定手套,但是還是經常用一般的手套去摸到EtBr的專用操作台。對危險物品的危機意識有點太低,之後要多注意。
●跑膠確定plasmid是否有切對的時候,marker其實沒有跑得很開,10k和8k的bond幾乎黏在一起,之後可以考慮讓他跑久一點*2。
●Transform結束後拿去養菌*316個小時但是沒有任何一顆菌長出來,我們想可能時這次用的competent cell是handmade 因此transform效率沒有公司做得那麼好,所以沒transform成功。
備註:
*1:核心實驗中是從TA vector中取出EGFP再放到pET28b中,而本次操作是從pET28b拿出EGFP。
*2:本次跑膠時間是25分鐘,電壓125V,loading dye 跑到倒數第三格。
*3:transform進DH5α,培養基是放Kanamycin當抗生素
結果:
左圖是enzyme digestion之後的膠圖,接著要切膠純化出所需片段,左邊的well是pET24a理論上要是5264bp,在圖中介於6k和5k之間(第一個要切膠純化的部分)。右邊的well上面較亮的是切剩下的pET28b,在1k下面一點點的是EGFP(750bp)的band(第二個要切膠純化的部分)。
(圖片來源:本人拍攝)
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左圖是colony PCR之後的膠圖,由上往下第一條亮帶是1000kb,而我們這次PCR primer夾的長度,扣掉Ndel和EcoRl之間的長度再加上EGFP的750bp差不多就在1000bp左右。所以可以確定裡面的vector和insert有結合成功。
(圖片來源:本人拍攝)
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心得:
(5/15)這次操作主要讓自己練習各個動作,以及嘗試了許多在核心技術實驗不會用到的東西和不會碰到的問題。同時也在這次的操作發現自己對整天做實驗這件事不排斥,甚至沒有注意到時間已經過很久了。最後就是要努力克服不喜歡開火這件事。
(6/6)今天主要是從ligation繼續,因為上次已經操作過一次,因此基本上沒有太大的問題。做colony PCR時也沒有問題,因為在做核心技術實驗時就有跟助教學要如何操作PCR儀器。只是當我跑完PCR再次去跑膠確認夾出片段是否正確時。這一切過程都很順利,包含用EtBr做膠時也是。而幸運的是也獲得我們想要的結果,於此同時一陣空虛向我襲來。起初想不出原因,理論上做出結果應該要很開心,卻是過程中讓我覺得很滿足,結果讓人覺得結束得有點突然。後來仔細想一想,可能時因為這一個結果並沒有解決任何問題,而是過程中我學習到許多做實驗需要注意的地方跟技巧。